Стоян Бешков определи решението на правителството за зоните от екомрежата Натура 2000 като престъпление спрямо българското и европейското природно богатство. Според него ръководството на Академията нарочно си спестява официална позиция по важни за страната проблеми, обяснявайки пред учените, че никой не го е питал за нищо. Бешков съобщи, че негови колеги са организирали подписка за защита на Натура 2000, но тя не е стигнала доникъде. Сега се готви нова подписка до президента и кабинета. Той предупреди, че учените са решени да алармират за случващото се в страната и международни институции. Стоян Бешков е участвал в определянето на зоните за включване в Натура 2000. Според него задачата е извършена професионално като е включен съответният научен потенциал.