Военната прокуратура поиска 5 г. затвор за Атанасов във връзка с доклад от 1999 г. за корупцията по висшите етажи на властта. На 10 декември 1999 г. бившият шеф на НСС предостави на тогавашния премиер Иван Костов списък с 226 имена, които фигурират в доклад за корупция. След този доклад бяха уволнени 10 министри, сред които Богомил Бонев, Марио Тагарински и Александър Божков. На 5 ноември 2001 г. същият доклад на Атанасов бе цитиран от кандидат-президента Петър Стоянов в предизборен дебат. По тази причина бившият вътрешен министър Богомил Бонев заведе тъжба срещу Атанасов, че заради доклада не е могъл да спечели президентските избори същата година. Заради това дело главният прокурор Борис Велчев поиска депутатския имунитет на Атанасов, от който той се отказа. След произнасянето на присъдата Атанасов каза пред журналисти, че по делото срещу него има престъпление - злоупотреба с власт, от страна на бившия главен прокурор Никола Филчев. Не знам колко неща трябва да изплуват за този човек, за да му се потърси отговорност, добави Атанасов. Той отказа да коментира чии поръчки е изпълнявал Филчев, като е образувал дело срещу него, но уточни, че е ставало въпрос за "чисто политическо преследване". Именно по жалбата на Бонев беше образувано делото, въпреки че тя беше внесена 5 г. след като бях представил доклада за корупция, изтъкна Атанасов. Той добави, че оправдателната му присъда означава, че информацията за Бонев в доклада му е вярна.